En el transcurso de la guerra civil española (1936-1939) Juan Camps actuó eficazmente en puestos de responsabilidad educativa y propagandística y durante el asedio a Madrid de las tropas franquistas se dio de baja en el partido socialista y se afilio al comunista, que en aquellos momentos cruciales de la guerra representó para él una mayor disciplina y acción efectiva con vista a la victoria popular.
Al termino de la guerra pasa a Francia y al igual que millares de sus compatriotas es internado en el campo de argeles sur Mer, de donde escapa y ayudado por sus amigos, logra llegar a Ginebra, donde Pittard lo acoge amigablemente y con el que termina los estudios de doctorado y escribe y define su tesis intitulada Contribution d I´étude du metopisme. El desencadenamiento de la segunda Guerra Mundial lo decide a abandonar a Europa; pasa a Holanda, se embarca y llega a Veracruz en octubre de ese mismo año.
En México inmediatamente es contratado (1940) como antropólogo físico en el Instituto Nacional de Antropología e Historia, dirigido por Antonio Caso, y al año siguiente es profesor fundador de la Escuela Nacional de Antropología e Historia (donde ejerció la docencia hasta 1975, año en que se jubiló) adjunta al citado Instituto, en el que los jóvenes mexicanos estudiaban desde el punto de vista nacional la historia, la antropología y la arqueología.
La obra creada por Juan comas es extensa y además muy valiosa no sólo por los libros y notas propias, sino también por las traducciones y reseñas, sobre todo los escritos por extranjeros, relacionados con los temas prehistóricos, arqueológicos, raciales y racistas, culturales, biológicos, alimentos, etc, de México y de América.